突襲世界的大災難“第二次沖擊”后，世界在廢墟之上重建。14歲的少年碇真嗣被父親碇元渡叫到第3新東京市。本以為能見到父親迎接的他，卻見到名為“ 使徒”的巨大生物與軍隊交火。危急之下，特務機關NERV的葛成美里將真嗣救下，并將其帶往碇元渡所統領的NERV總部。但迎接真嗣的，卻是是父親冷酷地命令：駕駛稱為“EVA”的巨大人型機器人與使徒戰斗。本已表示拒絕的真嗣，看到重傷的替補駕駛員綾波麗后，決定遵從父親...

母親要殺他,這個沖擊讓伊達京介覺醒潛在能力。在京介覺得失意時,岬真夜這個讓人忍不住關懷的女子出現在他面前。兩人關系越來越密切此時,迷的突變體軍團「hospitaru」(ホスピタル)和巨大企業「桐原體」的戰斗機器人軍團突然向他們攻擊,為的是京介的雙胞胎妹妹 琉奈為了保護妹妹和她的分身京介使用變身能力奮戰著.........

真新鎮的少年年滿10歲之后，就可以得到訓練神奇寶貝的資格。10歲的少年小智（松本梨香 配音）以成為最厲害的神奇寶貝訓練大師為目標，即將踏上了修行之旅。小智因為早上賴床遲到，險些失去挑選神奇寶貝的資格，無奈下他領走了一只被挑剩下的神奇寶貝——皮卡丘（大谷育江 配音）。皮卡丘又名電氣鼠，雖然長相可愛，但性格含羞內向卻又不親近人類，稍有不滿就亂放電電人，暴躁的脾氣讓小智吃盡了苦頭。大木博士把神奇寶貝圖和...