在邪神加坦杰厄和迪迦奧特曼的決戰結束后，人類世界迎來了長達兩年的和平歲月。這一日，入間隊長隨同GUTS考古隊來到位于南太平洋的遠古遺跡露露耶，他們再次發現了業已毀滅的超古代城市以及三尊邪神的石像希特拉（婆裟羅天明 飾）、達拉姆（松田優 飾）及女領袖卡美拉（芳本美代子 飾）。入間極力反對對古跡的觸動，但絲毫無法改變上層的決定，最終導致三尊邪神復活，人類再度面臨危機。與此同時，圓·大古（長野博 飾）與...

星球在戰之后的百年，白鴿島一場簡單的慶典。卻引來了外星人爭奪神秘石像的戰爭。毫無心理準備的白鴿島頓時陷于驚慌失措之中。在現階段的外星人統治下，原本相互為敵的幾方人被迫在白鴿島一起居住。外星人打著尋找自己各族隱匿在人類中的頭叛徙的旗號，挑動人類相互懷疑殘殺。而自己扮演一個救世主，從面而使人類在精神上屈服。在武力的脅迫下，無知的人們把自己的鄰居——“外星人的叛徙”推上了斷頭臺。少年天望，承受著同的屈辱...