某一日，被稱為“巨人”的體型格外巨大的怪物入侵了人類的世界，他們的破壞力是如此的巨大，以至于人來在極短的時間里便失去了大片的土地。為了保護最后的生存家園，人類建造起了高墻，猶如被圈養般的生活在極有限的空間中，生活在無止盡的恐懼之中，這樣一過就是一百年。艾倫（梶裕貴 配音）、三笠（石川由衣 飾）和阿尼（嶋村侑 飾）是生活在高墻之后的孩子們，艾倫痛恨調查兵團日漸懶散的作風，認為巨人有朝一日一定會向人類發起更猛烈的進攻。不幸的是，艾倫的預言實現了，超大型的巨人打破了墻壁，在人類最后的凈土中肆虐。災難過后，幸存的艾倫一行人加入了調查兵團，艾倫和三笠更是發誓要為死去的母親報仇。